弊社で建築物省エネ法の計算書類を作成させていただいた実績をご紹介させていただきます。
【用途区分】事務所、集会場
【建設地】新潟県
【面積】6,900㎡
【計算方法】標準入力法→モデル建物法
適判提出時は標準入力法で行いましたが、図面変更の際、モデル建物法で提出したいというご要望（申請料や完了検査を見据えたもの）があり、軽微変更ではなく計画変更で対応となりました。
※計算方法の変更は、設計変更の内容に関わらず、軽微な変更ではなく計画変更となります。
最終的な断熱及び建具仕様は、屋根が吹付け硬質ウレタンフォームA種1t60、外壁が吹付け硬質ウレタンフォームA種1t60、窓ガラスはLow-E複層ガラス（日射遮蔽型、中空層12mm）でした。
空調機器は、吸収式冷凍機と空冷式パッケージエアコン、ガスヒートポンプエアコンの併用でした。熱源容量は冷房・暖房ともに200W/㎡程度でパッケージエアコンの熱源比率は40％程度でした。
標準入力法で行った適判時のBEI/AC=0.88で、変更後のモデル建物法でのBEIm/AC=1.04となり、標準入力法は機器ごとに制御を適用出来ることに対し、モデル建物法は割合で制御が無しとなったことが数値が大きくなった一つの要因と考えられました。
BEIm/ACは1.0以上でしたが、照明の数値が良かったため、BEIｍは1.0以下とすることが出来ました。
標準入力法で計算したものをモデル建物法で再計算することは、標準入力法から引用出来るものが多いため、難しいものではありません。
標準入力法で作成した計算書をモデル建物法にコンバートするツールもありますので（使用条件はありますが）、標準入力法で提出していたものはモデル建物法で検討してみても良いかと思います。